有机肥能够改善土壤的理化性状，渗水能力增强，提高土壤蓄水、保肥、供肥和抗旱防涝能力，有机肥包含多种有机酸，有益菌使土壤更加肥沃，养分全面，肥效持久，来源广、潜力大、成本低，同时还有改良土壤的作用，增加有机物的营养元素，是无机肥料不能代替的。
1.土壤改良
有机肥是一种很好的土壤改良剂。当有机肥被用于农田或退化土壤，可以增加有机质，改土壤结构，减少化学肥料的使用量，并且可以减轻土壤的潜在侵蚀。
2.改善了土地利用
农业有机废弃物的相当部分还在直接或简单处理后土地利用，虽也有肥料价值，并能改善土壤质量的作用。
3.降低污染
在城市化和农业不断规模化发展的过程中，有机废弃物开始成为一种负担而不是财富。
4.有机肥作为养殖垫料替代物
从动物福利及养殖环境的改善角度认为，养殖圈舍内应铺设垫料层，一方面有利于吸附动物排泄物，减轻环境污染，另一方面也给动物提供了一舒适的地面环境。
许多研究表明，粉状有机肥可用来替代锯末、秸秆粉等在养殖场作为垫料使用。
5.有机肥减轻土传病害
已经发现良好的有机肥可以在不使用化学药物控制的情况下减轻植物土传病害。有机肥的这种抑制病害的特点已经被广泛的认识和赞赏。